{"id":"RIDUNaM_0c8cf243dac55304c93f6e495891735b","dc:title":"Proteoma de Pleurotus pulmonarius durante la degradaci\u00f3n de PCB","dc:creator":"Fonseca, Mar\u00eda Isabel","dc:date":"2020","dc:description":["Pasos para reproducir. El micelio de P. pulmonarius LBM 105 se someti\u00f3 primero a una degradaci\u00f3n celular utilizando nitr\u00f3geno l\u00edquido. Despu\u00e9s de esto, se agregaron 500 \u03bcl de un tamp\u00f3n de extracci\u00f3n (tamp\u00f3n Tris 0,1 M pH 7; NaCl 1,5 M; EDTA 0,05 M; \u00df-mercaptoetanol 10 mM) al lisado y se incub\u00f3 durante 1 hora a temperatura ambiente, posteriormente se centrifug\u00f3 (10000 rpm, 10 min, 4 \u00baC) para obtener el extracto proteico. Luego se a\u00f1adi\u00f3 al extracto una soluci\u00f3n reductora de Ditiotreitol a una concentraci\u00f3n final de 10 mM por muestra, incub\u00e1ndose luego durante 45 min a 56 \u00b1 1 \u00baC. Tras la reducci\u00f3n, se a\u00f1adi\u00f3 una soluci\u00f3n de yodoacetamida, alcanzando una concentraci\u00f3n final de 20 mM y se incub\u00f3 durante 45 min a temperatura ambiente en oscuridad. Para la precipitaci\u00f3n se a\u00f1adi\u00f3 una cantidad de \u00e1cido tricloroac\u00e9tico igual a una quinta parte del extracto proteico de cada muestra, dejando precipitar las prote\u00ednas durante 2 hs a -20 \u00baC. A continuaci\u00f3n, todas las muestras se centrifugaron (10000 rpm, 10 min, 4 \u00baC) y el sedimento se resuspendi\u00f3 y se lav\u00f3 3 veces con 500 \u03bcl de acetona fr\u00eda (4 \u00baC). El sedimento obtenido de ambos an\u00e1lisis se suspendi\u00f3 en un tamp\u00f3n de bicarbonato de amonio (50 mM, pH 8) junto con 200 ng de tripsina (Promega\u00ae) hasta un volumen final de 50 \u03bcl, incubando durante 12 h. Por \u00faltimo, las muestras se liofilizaron con SpeedVac y se resuspendieron en 10 \u03bcl de \u00e1cido f\u00f3rmico al 0,1% (v \/ v). Se realiz\u00f3 un \u00faltimo proceso de desalaci\u00f3n mediante un Zip Tip C18. Todos los p\u00e9ptidos obtenidos se separaron mediante un nanoHPCL EASY-nLC 1000 (Thermo Scientific) acoplado con un electropulverizador EASY-SPRAY (Thermo Scientific). Las muestras se cargaron en un Acclaim PepMap de precolumna C18 (ID: 75 um, Longitud: 20 mm, Tama\u00f1o de part\u00edcula: 3 um) y luego se pas\u00f3 por una columna EASY-SPRAY Accucore (ID: 75 um, Longitud: 150 mm, Tama\u00f1o de part\u00edcula: 3 um) usando una temperatura de 35 \u00baC, un flujo de 300 nl \/ min y un gradiente de \u201cA Soluci\u00f3n \u201d(Agua con 0,1% de \u00e1cido f\u00f3rmico) y Soluci\u00f3n\u201c B \u201d(Acetonitrilo con 0,1% de \u00e1cido f\u00f3rmico). Los p\u00e9ptidos se separaron usando un gradiente del 0% al 35% de soluci\u00f3n B durante 110 min y un gradiente del 35% al \u200b\u200b95% de soluci\u00f3n B durante 1 min. Los espectros de masas de barrido completo se obtuvieron utilizando un espectr\u00f3metro Q-exactivo (Thermo Scientific). Los 12 iones m\u00e1s intensos obtenidos en la MS de barrido completo se seleccionaron para la disociaci\u00f3n en la celda de disociaci\u00f3n de alta colisi\u00f3n, obteniendo como resultado los espectros MS \/ MS de los iones seleccionados. Todos estos espectros fueron analizados por el software Proteome Discoverer (Thermo Scientific) utilizando una base de datos de Pleurotus con 2 escisiones err\u00f3neas permitidas.","Este es el proteoma de Pleurotus pulmonarius LBM 105 obtenido para el micelio del hongo recolectado de un medio l\u00edquido carente de nitr\u00f3geno en presencia y ausencia de PCB. Los datos se obtuvieron mediante nanoHPCL MS \/ MS y utilizando el software de \"Proteome discoverer\u201d. Este conjunto de datos contiene el n\u00famero de acceso de cada prote\u00edna identificada, as\u00ed como cualquier informaci\u00f3n relevante correspondiente. Tambi\u00e9n se muestra la informaci\u00f3n de los p\u00e9ptidos \u00fanicos de cada prote\u00edna."],"dc:format":["application\/ms-excel","application\/vnd.openxmlformats-officedocument.spreadsheetml.sheet","409 KB"],"dc:language":["spa"],"dc:type":"dataset","dc:subject":["Ciencias Naturales","Ciencias Biol\u00f3gicas","Micolog\u00eda","Remediaci\u00f3n","Prote\u00f3mica de Expresi\u00f3n"],"dc:coverage":["ARG","Argentina","Posadas .......... (lugar habitado) (Mundo, Sudam\u00e9rica, Argentina, Misiones)","1019872","Lat: -27.4500; Long: -55.8333","2019-2020","start=2019; end=2020"],"dc:rights":["info:eu-repo\/semantics\/openAccess","Atribuci\u00f3n-NoComercial-CompartirIgual 4.0 Internacional","http:\/\/creativecommons.org\/licenses\/by-nc-sa\/4.0\/"],"dc:publisher":"Universidad Nacional de Misiones. Facultad de Ciencias Exactas, Qu\u00edmicas y Naturales. Instituto de Biotecnolog\u00eda Misiones\u201cDra. Mar\u00eda Ebe Reca\u201d. Laboratorio de Biotecnolog\u00eda Molecular","dc:relation":["info:eu-repo\/semantics\/altIdentifier\/doi\/10.17632\/648cgcw5y6.3#file-3be08dd0-8871-4c7f-a657-4fe06a5a5c9d","info:eu-repo\/semantics\/altIdentifier\/doi\/10.10.17632\/648cgcw5y6.3#file-fb11dde7-afaf-4c73-be97-05b310481a41","info:eu-repo\/semantics\/altIdentifier\/url\/https:\/\/data.mendeley.com\/datasets\/648cgcw5y6\/3","info:eu-repo\/grantAgreement\/Secretar\u00eda de Pol\u00edticas Universitarias\/SPU\/11125\/AR\/HONGOS FITOPAT\u00d3GENOS ASOCIADOS a Ilex paraguariensis St. Hil. variedad paraguariensis EN CONDICIONES DE CULTIVO","info:eu-repo\/grantAgreement\/ANPCYT\/PICT\/2017-4535\/AR\/Biosensores ambientales descartables: detecci\u00f3n de pesticidas en aguas superficiales con lacasa recombinante inmovilizada sobre nanopart\u00edculas esf\u00e9ricas de s\u00edlice (SiO2)\/PICT-2017-4535","info:eu-repo\/grantAgreement\/ANPCYT\/PICT\/2017-1697\/AR\/Bioadsorci\u00f3n y micorremediaci\u00f3n como estrategias combinadas para el tratamiento de efluentes de la industria citr\u00edcola\/PICT-2017-1697","info:eu-repo\/grantAgreement\/Universidad Nacional de Misiones. 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