{"id":"CONICETDig_918a59542e7615b605f4f7380d3df36a","dc:title":"Secuenciaci\u00f3n masiva de miARNs en una poblaci\u00f3n susceptible y una resistente a insecticidas piretroides del vector de la Enfermedad de Chagas Triatoma infestans","dc:creator":"Stroppa, Maria Mercedes","dc:date":"2024","dc:description":["Se extrajo ARN total y miARNs a partir de ninfas de estadio V de la colonia susceptible originada a partir de individuos provenientes de la localidad de Chu\u00f1a y de la colonia resistente de Pampa Argentina. Cada muestra consisti\u00f3 en un pool cuerpo graso de 5 machos y 5 hembras. La extracci\u00f3n se realiz\u00f3 mediante el kit mirVanaTM miRNA Isolation de acuerdo a las instrucciones del fabricante. Se verific\u00f3 la concentraci\u00f3n de ARN total (fluor\u00f3metro Qubit) e integridad del mismo por electroforesis desnaturalizante en gel de agarosa. Para la secuenciaci\u00f3n de nueva generaci\u00f3n (NGS) se remitieron las muestras de ARN total para la construcci\u00f3n de las librer\u00edas y la secuenciaci\u00f3n masiva al servicio t\u00e9cnico especializado brindado por la empresa ArrayStar (EEUU). Para el an\u00e1lisis bioinform\u00e1tico de Raw data de m\u00e1s de 64 (Ti1R), 72 (Ti2R) y 93(Ti3R) millones y 50 (Ti1S), 146 (Ti2S) y 67 (Ti3s) millones de lecturas sin procesar de las r\u00e9plicas S1, S2 y S3 de poblaciones susceptibles y R1, R2 y R3 respectivamente se utilizaron herramientas del programa CLC Genomics Workbench v9.5. Se procesaron los datos crudos para remover lecturas de baja calidad, de secuencias poliA, de adaptadores, de secuencias sin adaptador 3\u2019 y de secuencias m\u00e1s cortas a 15 nucle\u00f3tidos. Se obtuvieron 62 (Ti1R), 70 (Ti2R) y 90 (Ti3R) millones de lecturas procesadas y 48 (Ti1S), 143 (Ti2S) y 65 (Ti3S) millones de lecturas procesadas. Los datos de lecturas recortadas de cada biblioteca se anotar\u00e1n mediante su comparaci\u00f3n con la base de datos de miARNs de miRBase, as\u00ed tambi\u00e9n como con miARNs que se caracterizar\u00e1n a partir del genoma de R. prolixus y con las secuencias de transcriptomas de T. infestans, T. dimidiata y T. pallidipennis, y otras especies de hem\u00edpteros presentes en la base de datos Vectorbase. Subsecuentes recuentos relativos de miARNs se realizaron dentro de cada librer\u00eda. Para predecir nuevos miARNs se utiliz\u00f3 el software miRDeep2. Utilizando el program miRDeep 2 se identificaron 120 miARNs y se caracterizaron 20 miARNs nuevos. Se encuentra en desarrollo el an\u00e1lisis de la expresi\u00f3n diferencial de miARNs entre las poblaciones de T. infestans susceptible y resistente a insecticidas piretroides se determinan los niveles de expresi\u00f3n de las miARNs se lleva a cabo con el comando \u201cAnnotate and Merge\u201d en el programa CLC Genomics Workbench v9.5. Este procedimiento utiliz\u00f3 a miRBase como base de datos primaria y la base de datos de ARNs no codificantes (dmell-RNAt-6.1\/8fasta y demell-allmiscRNA-6.1\/8.fasta) como base de datos secundaria de anotaci\u00f3n. El n\u00famero de lecturas se normaliz\u00f3 usando el m\u00e9todo de etiquetas por mill\u00f3n de lecturas o m\u00e9todo de TPM. TPM= (n\u00famero de lecturas corridas por cada miARN en relaci\u00f3n al total de lecturas corridas) x 106. Posteriormente, el algoritmo de An\u00e1lisis Emp\u00edrico de la Expresi\u00f3n Diferencial del Gen (Empirical Analisys of Differential Gene Expression o EDGE) se utiliz\u00f3 para estimar las diferencias en el n\u00famero de lecturas para las poblaciones susceptible y resistente, con valores P ajustados por c\u00e1lculos de m\u00faltiples pruebas, empleando el procedimiento de Benjamini-Hochberg para tasa de falso descubrimiento (false discovery rate: FDR)."],"dc:format":["application\/octet-stream"],"dc:language":["spa"],"dc:type":"dataset","dc:rights":["info:eu-repo\/semantics\/embargoedAccess","https:\/\/creativecommons.org\/licenses\/by-nc-sa\/2.5\/ar\/"],"dc:relation":["info:eu-repo\/grantAgreement\/Universidad Nacional de C\u00f3rdoba. Secretaria de Ciencia y Tecnolog\u00eda\/PIDTA CONSOLIDAR 33620230100018CB","info:eu-repo\/grantAgreement\/Ministerio de Ciencia, Tecnolog\u00eda e Innovaci\u00f3n Productiva. Agencia Nacional de Promoci\u00f3n Cient\u00edfica y Tecnol\u00f3gica. Fondo para la Investigaci\u00f3n Cient\u00edfica y Tecnol\u00f3gica\/PIDTA CONSOLIDAR 33620230100018CB","info:eu-repo\/grantAgreement\/Consejo Nacional de Investigaciones Cient\u00edficas y T\u00e9cnicas\/PIDTA CONSOLIDAR 33620230100018CB"],"dc:identifier":"https:\/\/repositoriosdigitales.mincyt.gob.ar\/vufind\/Record\/CONICETDig_918a59542e7615b605f4f7380d3df36a"}