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Sorghum bicolor: Polimorfismos (SNPs e InDel) de los genotipos SS79 y M71 y sus impactos estimados, utilizando Rio como genoma de referencia
Registro completo
- Título
- Sorghum bicolor: Polimorfismos (SNPs e InDel) de los genotipos SS79 y M71 y sus impactos estimados, utilizando Rio como genoma de referencia
- Autor(es)
- Carrere Gómez, Manuela; Baricalla, Agustin Ariel; Federico, Maria Laura
- Afiliación(es) del/de los autor(es)
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Carrere Gómez, Manuela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro de Investigaciones y Transferencia del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires. Universidad Nacional del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires. Centro de Investigaciones y Transferencia del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires; Argentina
Baricalla, Agustin Ariel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - San Luis. Instituto Multidisciplinario de Investigaciones Biológicas de San Luis. Universidad Nacional de San Luis. Facultad de Ciencias Físico Matemáticas y Naturales. Instituto Multidisciplinario de Investigaciones Biológicas de San Luis; Argentina
Federico, Maria Laura. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
- Resumen
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Identificación de SNPs e Indels en el genotipo de sorgo dulce SS79 y el granífero M71 (Shiringani et al, 2010; Shiringani y Friedt, 2011), re-secuenciados en un Illumina Novaseq 6000, utilizando la herramienta SNIPPY4.6 (Seemann, 2015). El genoma utilizado como referencia fue Rio v.2.1. El impacto funcional de los polimorfismos se evaluó utilizando SNPeff v.5.2 (Cingolani et al., 2012). SNPs and Indels identified in the sweet sorghum genotype SS79 and grain sorghum M71 (Shiringani et al, 2010; Shiringani and Friedt, 2011), re-sequenced on an Illumina Novaseq 6000, using SNIPPY4.6 (Seemann, 2015). The reference genome used was Rio v.2.1. The functional impact of SNPs and Indels was evaluated using SNPeff v.5.2 (Cingolani et al., 2012).
- Año de publicación
- Idioma
-
inglés
- Formato (Tipo MIME)
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application/octet-stream
- Clasificación temática de acuerdo a la FORD
- Biotecnología agrícola
- Condiciones de uso
- Acceso restringido por un tiempo determinado. Estará disponible en: https://opendatacommons.org/licenses/by/1-0/
Citación
Carrere Gómez, Manuela Baricalla, Agustin Ariel Federico, Maria Laura (): Sorghum bicolor: Polimorfismos (SNPs e InDel) de los genotipos SS79 y M71 y sus impactos estimados, utilizando Rio como genoma de referencia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas, http://hdl.handle.net/11336/273914.