Small-scale metabolic model for lipid production in Rhodosporidium toruloides iTC116

Registro completo

Título

Small-scale metabolic model for lipid production in Rhodosporidium toruloides iTC116

Autor(es)

Castañeda, María Teresita; Nuñez, Sebastián; Jamilis Ricaldoni, Martín Ignacio; de Battista, Hernán

Afiliación(es) del/de los autor(es)

Castañeda, María Teresita. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones en Electrónica, Control y Procesamiento de Señales. Universidad Nacional de La Plata. Instituto de Investigaciones en Electrónica, Control y Procesamiento de Señales; Argentina
Nuñez, Sebastián. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones en Electrónica, Control y Procesamiento de Señales. Universidad Nacional de La Plata. Instituto de Investigaciones en Electrónica, Control y Procesamiento de Señales; Argentina
Jamilis Ricaldoni, Martín Ignacio. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones en Electrónica, Control y Procesamiento de Señales. Universidad Nacional de La Plata. Instituto de Investigaciones en Electrónica, Control y Procesamiento de Señales; Argentina
de Battista, Hernán. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones en Electrónica, Control y Procesamiento de Señales. Universidad Nacional de La Plata. Instituto de Investigaciones en Electrónica, Control y Procesamiento de Señales; Argentina

Resumen

This dataset presents the small-scale metabolic model for lipid production by Rhodosporidium toruloides iTC116. The model comprises 93 metabolites, 104 metabolic reactions, and 116 genes, representing key metabolic pathways involved in biomass and lipid production within the extracellular medium, cytosol, and mitochondria compartment. It includes the assimilation of four substrates (glucose, glycerol, xylose, and arabinose), commonly used in biotechnological industries as sole or combined carbon and energy sources. The model also delineates the primary pathways for metabolic precursor, energy, and reducing power, including glycolysis, the pentose phosphate pathway, the tricarboxylic acid cycle, central nitrogen metabolism, oxidative phosphorylation, and the glyoxylate cycle. This resource is designed for use with the COBRA Toolbox for MATLAB and includes a metabolic map for visualizing flux distribution with the Escher pathway map visualization tool.

Año de publicación

2024

Idioma

inglés

Formato (Tipo MIME)

text/plain
application/octet-stream
application/vnd.ms-excel

Clasificación temática de acuerdo a la FORD

Biotecnología industrial

Condiciones de uso

Disponible en acceso abierto bajo licencia Creative Commons https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/

Repositorio digital

CONICET Digital (CONICET) - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas

Identificador de proyecto

Ministerio de Ciencia. Tecnología e Innovación Productiva. Agencia Nacional de Promoción Científica y Tecnológica/PICT 2014-2394

Identificador de proyecto

Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Centro de Investigación y Desarrollo en Fermentaciones Industriales. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Centro de Investigación y Desarrollo en Fermentaciones Industriales/PICT 2014-2394