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Sorghum bicolor: Variantes estructurales (SV) de los genotipos SS79 y M71 y sus impactos estimados
Registro completo
- Título
- Sorghum bicolor: Variantes estructurales (SV) de los genotipos SS79 y M71 y sus impactos estimados
- Autor(es)
- Carrere Gómez, Manuela; Baricalla, Agustin Ariel; Federico, Maria Laura
- Afiliación(es) del/de los autor(es)
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Carrere Gómez, Manuela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro de Investigaciones y Transferencia del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires. Universidad Nacional del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires. Centro de Investigaciones y Transferencia del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires; Argentina
Baricalla, Agustin Ariel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro de Investigaciones y Transferencia del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires. Universidad Nacional del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires. Centro de Investigaciones y Transferencia del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires; Argentina
Federico, Maria Laura. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
- Resumen
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Identificación de variantes estructurales en el genotipo de sorgo dulce SS79 y sorgo granífero M71 (Shiringani et al, 2010; Shiringani y Friedt, 2011), re-secuenciados en un Illumina Novaseq 6000, utilizando las herramientas BreakDancer v.1.4.5 (Chen et al., 2009) y CNVpytor v.1.3.1 (Suvakov et al., 2021). El genoma utilizado como referencia fue BTx623 v.3.1.1. El impacto funcional de los polimorfismos se evaluó utilizando SNPeff v.4.3 (Cingolani et al., 2012). Structural variations identified in the sweet sorghum genotype SS79 and grain sorghum M71 (Shiringani et al, 2010; Shiringani and Friedt, 2011), re-sequenced on an Illumina Novaseq 6000, using BreakDancer v.1.4.5 (Chen et al., 2009) and CNVpytor v.1.3.1 (Suvakov et al., 2021). The reference genome used was BTx623 v.3.1.1. The functional impact of SNPs and Indels was evaluated using SNPeff v.4.3 (Cingolani et al., 2012).
- Año de publicación
- Idioma
-
inglés
- Formato (Tipo MIME)
-
application/octet-stream
- Clasificación temática de acuerdo a la FORD
- Biotecnología agrícola
- Condiciones de uso
- Acceso restringido por un tiempo determinado. Estará disponible en: https://opendatacommons.org/licenses/by/1-0/
Citación
Carrere Gómez, Manuela Baricalla, Agustin Ariel Federico, Maria Laura (): Sorghum bicolor: Variantes estructurales (SV) de los genotipos SS79 y M71 y sus impactos estimados. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas, http://hdl.handle.net/11336/238580.