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Variantes estructurales e impacto funcional estimado en los genotipos M71 y SS79 de Sorghum bicolor utilizando como referencia el genoma de sorgo dulce Rio
Registro completo
- Título
- Variantes estructurales e impacto funcional estimado en los genotipos M71 y SS79 de Sorghum bicolor utilizando como referencia el genoma de sorgo dulce Rio
- Autor(es)
- Carrere Gómez, Manuela; Baricalla, Agustin Ariel; Federico, Maria Laura
- Afiliación(es) del/de los autor(es)
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Carrere Gómez, Manuela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro de Investigaciones y Transferencia del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires. Universidad Nacional del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires. Centro de Investigaciones y Transferencia del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires; Argentina
Baricalla, Agustin Ariel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - San Luis; Argentina
Federico, Maria Laura. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
- Resumen
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Identificación de variantes estructurales en el genotipo de sorgo dulce SS79 y el granífero M71 (Shiringani et al, 2010; Shiringani y Friedt, 2011), re-secuenciados en un Illumina Novaseq 6000, utilizando la herramienta Parliament2 (Zarate et al., 2020). El genoma utilizado como referencia fue Rio v.2.1. El impacto funcional de las variantes estructurales se evaluó utilizando SNPeff v.5.2 (Cingolani et al., 2012). Structural variants were identified in the sweet sorghum genotype SS79 and grain sorghum M71 (Shiringani et al, 2010; Shiringani and Friedt, 2011), re-sequenced on an Illumina Novaseq 6000, using Parliament2 (Zarate et al., 2020). The reference genome used was Rio v.2.1. The functional impact of the structural variants was evaluated using SNPeff v.5.2 (Cingolani et al., 2012).
- Año de publicación
- Idioma
-
inglés
- Formato (Tipo MIME)
-
application/octet-stream
- Clasificación temática de acuerdo a la FORD
- Biotecnología agrícola
- Condiciones de uso
- Acceso restringido por un tiempo determinado. Estará disponible en: https://opendatacommons.org/licenses/by/1-0/
Citación
Carrere Gómez, Manuela Baricalla, Agustin Ariel Federico, Maria Laura (): Variantes estructurales e impacto funcional estimado en los genotipos M71 y SS79 de Sorghum bicolor utilizando como referencia el genoma de sorgo dulce Rio. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas, http://hdl.handle.net/11336/278564.