Set de datos de SNP-array del alta densidad de caballos Pura Raza Española con anomalías cromosómicas numéricas del par sexual

Registro completo

Título

Set de datos de SNP-array del alta densidad de caballos Pura Raza Española con anomalías cromosómicas numéricas del par sexual

Autor(es)

Demyda Peyrás, Sebastián

Afiliación(es) del/de los autor(es)

Demyda Peyrás, Sebastián. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Facultad de Ciencias Veterinarias, Universidad Nacional de la Plata;

Resumen

Chromosomal abnormalities are a common cause of infertility in horses. However, they are difficult to detect using automated methods. Here, we propose a simple methodology based on single nucleotide polymorphism (SNP)-array data that allows us to detect the main chromosomal abnormalities in horses in a single procedure. As proof of concept, we were able to detect chromosomal abnormalities in 33 out of 268 individuals, including monosomies, chimerisms, and male and female sex-reversions, by analyzing the raw signal intensity produced by an SNP array-based genotyping platform. We also demonstrated that the procedure is not affected by the SNP density of the array employed or by the inbreeding level of the individuals. Finally, the methodology proposed in this study could be performed in an open bioinformatic environment, thus permitting its integration as a flexible screening tool in diagnostic laboratories and genomic breeding programs.

Año de publicación

2022

Idioma

inglés

Formato (Tipo MIME)

application/zip

Clasificación temática de acuerdo a la FORD

Biotecnología agrícola

Condiciones de uso

Disponible en acceso abierto bajo licencia Creative Commons https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/

Repositorio digital

CONICET Digital (CONICET) - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas

Identificador de proyecto

Ministerio de Ciencia. Tecnología e Innovación Productiva. Agencia Nacional de Promoción Científica y Tecnológica/2016-0359